造成系統誤差的來源主要有以下幾點：方法誤差：方法誤差指的是由于食品理化檢驗分析方法本身導致的誤差，這個誤差是不可避免的，因此經常會出現檢驗結果偏低或者偏高的情況。例如在食品理化檢驗中進行重量分析時，沉淀的溶解就容易導致誤差;在滴定過程中沒有反應完全，或者因滴定終點與計量點不相符而導致發生副反應;高溫檢驗導致某些易揮發的物質出現了揮發現象。
造成這種局面的根本原因是我們在食品安全管理中過分強調且依賴了檢測的作用。即使檢測方法很準確、檢測樣本很有代表性，但這種對產品的檢測只能是事后發現問題食品，處理問題食品，卻無法改變食品的安全性。因此，必須將食品安全檢測延伸到食品生產企業，將檢測作為工具，用于判斷生產原材料、生產環境、生產工藝、包裝材料、從業人員等各個環節是否能夠保障食品的安全。這就好比一個患者測定血糖水平，其目的不在于知曉自身的血糖高低，而在于判斷、飲食、運動等各個環節是否能夠有效地控制血糖。
現如今食品安全已經成為了廣大人民群眾尤為關注的一個方面，而且以往的食品安全事件已經為人們敲響了警鐘，只有做好食品質量與安全管理，才能夠有效消除食品安全隱患，讓廣大人民群眾吃到放心安全的食品。而食品微生物的檢測就是查找食品安全隱患的重要措施，在具體的檢測工作當中，必須注重多元方法的整合，保證規范的執行各個操作規程，落實檢測工作職能，提升檢測人員的總體素質，為人們健康食品的需求。
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